A principios de agosto de 2006, el ministro del Interior, Ramil Usubov, interpuso tres demandas por difamación criminal contra Eynulla en respuesta a tres artículos titulados “La venganza de los antibióticos”, “El fracaso del antibiótico” y “El antibiótico y los periodistas”, que denunciaban supuestos vínculos entre el ministro y Haji Mammadov, un ex funcionario del Ministerio del Interior, que estaba siendo juzgado por asesinato y secuestro. El 26 de septiembre de 2006, un juez del Tribunal de Distrito de Yasamal en Bakú condenó al periodista con una pena de prisión condicional de dos años, le ordenó publicar una retractación, y pagar una multa de 11.300 euros por daños morales a Usubov.

Eynulla trabajaba como periodista de investigación para la revista Monitor en 2005, cuando Huseynov, su fundador y editor, fue asesinado. Fatullayev escribió un artículo en profundidad en el que acusó a las autoridades de Azerbaiyán de hacer caso omiso de la evidencia en el asesinato y obstruir la investigación. El artículo, “Lead and Roses”, publicado en Realny Azerbaiyán, alegaba que el asesinato de Huseynov fue ordenado por funcionarios de alto rango en Bakú y llevado a cabo por un grupo criminal. Pocos días después empezó a recibir amenazas de muerte.

El 1 de octubre de 2006, después de que su padre fue secuestrado, Eynulla se vio obligado a suspender la publicación de los periódicos. El secuestro había sido precedido por numerosas amenazas telefónicas de muerte contra él y toda su familia.

El 6 de marzo de 2007, Nizami Bahmanov, jefe de la comunidad azerbaiyana de Karabaj, se quejó de que Eynulla, en una entrevista publicada en un sitio web, había dado “información falsa” donde afirmaba que la matanza de Jodjalí había sido cometida por el ejército de Azerbaiyán y no por los armenios . El periodista aseguró que jamás concedió dicha entrevista y lo llamó propaganda contra él.

El 1 de marzo de 2007, entre 70 y 80 personas realizaron una protesta frente a la oficina editorial de Fatullayev, en la que llevaban carteles que lo acusaban de ser a un agente Dashnak (armenio), pidiendo que lo despojaran de su ciudadanía. Después de la lectura de la resolución, los participantes lanzaron huevos a la redacción y rompieron dos ventanas. La policía reprimió la protesta y el 31 de mayo la Unión de Veteranos de la Guerra de Azerbaiyán expresó su desaprobación contra el artículo de Fatullayev sobre la masacre Jodjalí.

Bajo cargos de difamación, entre otros, fue condenado en 2007 a una pena de ocho años en prisión. Pero gracias a la ayuda y presión de organizaciones internacionales, Eynulla recibió el año 2011 un perdón gubernamental tras haber pasado cuatro años encarcelado bajo dudosos cargos. La Corte Europea de Derechos Humanos le ordenó al gobierno indemnizar al periodista con 25 mil euros por daños morales.

En 2012 recibió el Premio Mundial de Libertad de Presa Unesco/Guillermo Cano. La directora general de la Unesco, Irina Bokova, dijo estar “profundamente conmovida” de entregar el premio “en un país que, hace un año, fue el origen de un amplio movimiento a favor de los cambios democráticos que dio esperanzas al mundo entero”.