En mayo de 2000, Bedoya investigaba un caso de tráfico de armas en la cárcel La Modelo de Bogotá. Cuando intentó ingresar a esa prisión para entrevistar a un jefe paramilitar que se suponía era el autor de las amenazas que la periodista recibía en el periódico El Espectador, fue secuestrada a la entrada. Sus captores se la llevaron sin inconvenientes, a pesar de que en el lugar había presencia de Policía. En el rapto, fue torturada y violada por un grupo de paramilitares.

Tres años después, el 18 de agosto 2003, mientras realizaba seguimiento a la situación de orden público del municipio Caño Jabón, al oriente del país, Jineth fue secuestrada por la guerrilla Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC) -extinta en 2016- y mantenida en cautiverio por cinco días.

A pesar de estos sucesos, decidió no abandonar su profesión ni su país y continuó con su labor periodística, convirtiéndose en un símbolo de resistencia y fortaleza.

En 2009, Bedoya fundó la campaña “No es Hora de Callar”, que busca visibilizar y combatir la violencia de género y promover la dignificación de sus víctimas. La periodista ha utilizado su experiencia personal para abogar por las personas vulneradas, a través del periodismo y del activismo. Su labor ha incidido en políticas públicas, como el establecimiento del 25 de mayo -día de su primera agresión- como el Día Nacional por la Dignidad de Víctimas de Violencia Sexual, desde 2014.

La investigación por el ataque ocurrido en el 2000 estuvo estancada por once años, tiempo en el que no hubo avances y, por el contrario, se le pidió a Jineth que investigara e identificara, a través de su trabajo periodístico, quiénes estaban detrás de sus propios ataques. Con ayuda de la Fundación para la Libertad de Prensa de Colombia, la causa fue presentada ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos, en 2011.

Tras un cambio de fiscal, en 2012, tres paramilitares fueron vinculados al caso como responsables. Durante el proceso, Jineth ha tenido que relatar doce veces la violación que sufrió, la última de ellas frente a sus perpetradores. El juicio condenó a dos de los tres victimarios, por la vía de la aceptación parcial de cargos. Aún no se ha establecido quién ordenó el ataque contra Jineth.

En 2021, la Corte Interamericana de Derechos Humanos condenó al Estado de Colombia por la violación de los derechos de Bedoya a la integridad, la libertad, el honor y la dignidad, la libertad de pensamiento y expresión, y por el incumplimiento de su deber de diligencia.

En 2024 se instaló en el lugar del secuestro, la cárcel La Modelo, el ‘Mural por la Memoria: Fragmentos que Florecen’, como una de las medidas de reparación por el caso de Bedoya. La obra artística rinde homenaje a las mujeres víctimas de violencia sexual en Colombia y transmite un mensaje de memoria, resignificación y resiliencia.

La labor de Jineth ha sido reconocida a nivel nacional e internacional. En 2012 recibió el Premio Internacional a las Mujeres de Coraje, que entrega anualmente el Departamento de Estado de los Estados Unidos. En 2019 ganó el Gran Premio Libertad de Prensa de la Sociedad Interamericana de Prensa -SIP.

En 2020 obtuvo el Premio Mundial de la Libertad de Prensa Unesco/Guillermo Cano. “El jurado reconoce y apoya su excepcional coraje y su incansable compromiso para revelar temas de fundamental importancia para la sociedad”, declaró la Giselle Khoury, presidenta del jurado. “El jurado quiso sumarse a la enérgica denuncia de la señora Bedoya Lima contra la creciente violencia que padecen las mujeres periodistas en América Latina y en otras muchas partes del mundo y a sus esfuerzos por invertir esta alarmante tendencia mundial”.

Jineth Bedoya ha seguido recibiendo constantes amenazas contra su vida y su integridad sexual. Sin embargo, no abandona el periodismo ni sus acciones para defender a las víctimas de su país. “Decidí no perdonar, pero sí transformar ese dolor en ayudar a otros”, le dijo al medio español ABC en 2022.