En abril de 2008, Darwish y un colega fueron detenidos después que publicaran informes sobre los disturbios en Adra, un pueblo cerca de Damasc. Mazen fue encarcelado después de diez días por “difamar e insultar a los órganos de administración del Estado”. Treinta y cinco organizaciones internacionales de libertad de prensa co-firmaron una carta en protesta por la condena.

Mazen también informó sobre enfrentamientos en Daraa a principios de 2011, durante las etapas iniciales de la Guerra Civil de Siria. En marzo, participó en una protesta pidiendo que los presos políticos fueran liberados; su participación en la marcha le causó ser detenido el 16 de febrero 2012 por hombres, al parecer, del brazo de inteligencia de la Fuerza Aérea Siria.

Otros quince periodistas y activistas fueron detenidos el mismo día, incluyendo sus colegas Hani Al-Zitani y Hussein Gharir y su esposa periodista Yara Badr, quien fue liberada en mayo, mientras los tres hombres estuvieron recluidos en condiciones que equivalen a desaparición forzada más de nueve meses, periodo en el que fueron sometidos a tortura y otros malos tratos, antes de ser trasladados a la prisión de Adra, en las afueras de Damasco.

“No hay mayor felicidad para un preso que saber que el mundo exterior lo está recordando. Mientras la devastación y el derramamiento de sangre se ha apoderado de mi tierra, la felicidad se ha convertido en una especie de lujo del que me siento avergonzado.” escribió Mazen el 10 de junio de 2013, desde la Prisión Central de Damasco en Adra.

El Grupo de Trabajo de la ONU sobre la Detención Arbitraria pidió su libertad en enero de 2014, que ya había solicitada la Asamblea General de la organización en una resolución en mayo de 2013. El Consejo de Seguridad de la ONU también exigió la libertad de todas las personas detenidas arbitrariamente en Siria en su resolución 2139 de febrero de 2014.

Aun en prisión, en 2014 ganó el premio Pinter International Writer of Courage Award (compartido con Salman Rushdie), dado por la asociación mundial de escritores PEN a personas que han sido perseguida por hablar acerca de sus creencias.

En mayo del 2015 recibió el Premio Mundial de Liberta de Prensa Unesco/Guillermo Cano, que entregan la Fundación Guillermo Cano y Unesco.

Darwish fue puesto en libertad el 10 de agosto de 2015, aunque los cargos no fueron retirados y fue programado para aparecer en una audiencia judicial el 31 de agosto de 2015. Ese día todos los cargos contra el periodista fueron retirados por una Corte Antiterrorismo en Damasco. El tribunal dictaminó que Darwish y sus compañeros de juicio estaban cubiertos por una amnistía política emitida en 2014.

“Mazen Darwish y sus colegas nunca deberían haber sido encarcelados. Su excarcelación hoy, que debió haberse producido hace tiempo, es un alivio bienvenido después de tres años y medio de angustia e incertidumbre. Las autoridades sirias deben retirar todos los cargos formulados contra Mazen y sus colegas, y poner fin a la implacable campaña dirigida contra todo el que se atreve a denunciar las terribles violaciones de derechos humanos que se cometen en el país”, dijo Said Boumedouha, director en funciones del Programa Regional para Oriente Medio y el Norte de África de Amnistía Internacional.