El 21 de junio de 2011, Alemu fue capturada por las autoridades etíopes en la clase de inglés de secundaria donde enseñaba, y puesta bajo arresto. Las autoridades allanaron su casa, confiscaron documentos y otros materiales y fue llevada a interrogatorio en el centro de detención policial Maekelawi en Addis Abeba, famoso por sus condiciones extremas, incluyendo palizas y presos suspendidos de los techos.
Fue acusada de conspiración para cometer actos terroristas y de participar en una organización terrorista, bajo las controversiales leyes antiterroristas de 2009. Sobre la base de ninguna evidencia, aparte de sus artículos contra el gobierno etíope, Reeyot fue condenada a 14 años de prisión. La condena estaba soportada en mensajes de correo electrónico que había recibido de grupos de discusión a favor de la oposición, informes que había enviado a un sitio de noticias de la oposición con sede en Estados Unidos; y transferencias de dinero no especificadas de su cuenta bancaria, según el Comité para Proteger a los Periodistas.
Su condena se ejecutó en la prisión de Kality de Addis Abeba, donde fue sometida a pésimas condiciones. Allí soportó un régimen de aislamiento, una huelga de hambre, problemas de salud y una atención médica muy insuficiente.
Reeyot se negó a admitir culpa por su labor de contar la verdad y a dar información sobre otros periodistas, a cambio de clemencia en su juicio; por el contrario, apeló el veredicto. En agosto de 2012 la Fundación Internacional de Mujeres en los Medios (IWMF) le otorgó el premio a la Valentía en el Periodismo, por su “negativa a autocensurarse en un lugar donde esa práctica es lo estándar, y su rechazo a pedir disculpas por decir la verdad, a pesar de que por la contrición podría ganar su libertad”.
Ese año el Tribunal Supremo anuló la condena de Reeyot por los cargos de planificación y posesión, pero confirmó el de promover el terrorismo. De esta manera, la Corte redujo su condena de 14 a 5 años de prisión.
En mayo de 2013, fue galardonada con el Premio Mundial Libertad de Prensa Unesco/Guillermo Cano, en honor a su excepcional coraje, resistencia y compromiso con la libertad de expresión. El jurado destacó el trabajo de Reeyot en numerosas publicaciones independientes, en las que ha escrito de una manera crítica sobre temas políticos y sociales, centrándose en las causas profundas de la pobreza y en la igualdad de género.
Después de estar 4 años en prisión, fue puesta en libertad en julio de 2015 con la ayuda de la iniciativa Media Legal Defense (MLD).
Tras su liberación, Reeyot dijo a la Voz de América: “Estoy segura de que voy a continuar con mis escritos porque es mi trabajo y también es mi pasión. Quiero servir a mi país. Quiero hacer de Etiopía un país democrático. Es mi responsabilidad como ciudadana y como periodista”.
