El 11 de setiembre de 1973, el Golpe de Estado que derrocó al presidente Salvador Allende e instauró una dictadura sangrienta encabezada por Augusto Pinochet, la hizo partir al exilio durante cuatro años a París. Desde allí, la periodista realizó una investigación sobre derechos humanos y sobre las fuerzas militares, con lo que logró informar desde la distancia a los chilenos, cosa que dentro de su país no podría haber contado.
De regreso a Chile, en 1978 fue fichada como subversiva por la Central Nacional de Inteligencia y perseguida por representar un peligro para el régimen tributario, debido a que dejaba ver lo que no se desea que se vea, y se animaba a decir lo que nadie más se atrevía a decir.
En pleno régimen dictatorial, González Mujica ejerció como reportera de investigación en las revistas Cauce y Análisis, opositoras al régimen de Pinochet, donde puso al descubierto, a través de múltiples investigaciones, casos de violaciones de los derechos humanos, así como operaciones inmobiliarias fraudulentas realizadas por el General Pinochet y su familia.
Debido a estas investigaciones la periodista soportó 26 denuncias y estuvo encarcelada entre 1984 y 1985. Sin embargo, una vez estuvo en libertad, retomó el periodismo de investigación y publicó artículos y libros sobre los abusos de la dictadura militar, provocando así, en numerosas ocasiones, ser detenida y procesada, ya que se negó a revelar la identidad de sus fuentes.
En 1985 recibió el premio anual de la Comisión de Derechos Humanos de España, por su trayectoria periodística; y en 1987 se le entregó en Washington el Premio Anual de Periodismo The Louis M. Lyons Award for Conscience and Integrity in Journalism, de la Universidad de Harvard.
Ocupó en 1995 el cargo de corresponsal en Chile del diario Clarín, de Argentina. También fue subdirectora y editora de investigación del diario La Nación y subdirectora de la revista Cosas.
En 2001 recibió el premio Maria Moors Cabot, de la Universidad de Columbia y en 2002 fundó la revista Siete + 7, que tres años después pasó a ser el Diario Siete. En 2006 le fue otorgado el Dan David Prize, una distinción que entrega cada año la Universidad de Tel Aviv a hombres y mujeres de todo el mundo, destacados en el arte, la cultura, las ciencias sociales y la tecnología.
Desde mayo de 2007 dirige el Centro de Investigación Periodística (Ciper), una institución independiente y sin fines de lucro que fundó para desarrollar exclusivamente reportajes de investigación. Adicionalmente, organiza talleres de periodismo en Chile y en el extranjero, labor que compagina con su trabajo como reportera.
El 3 de Mayo del 2010 fue galardonada con el Premio Mundial de Liberta de Prensa Unesco/Guillermo Cano. “Mónica González Mujica defiende desde hace muchos años con fuerza la libertad de expresión, uno de los valores fundadores de la Unesco. Ahora muestra igual compromiso con la educación, otra de las prioridades de nuestra Organización”, dijo Irina Bokova, directora general de Unesco.
Al ser entrevistada por recibir este reconocimiento, la periodista dijo: “No hay otra posibilidad: o eres un periodista que denuncia las irregularidades y los horrores, o simplemente eres cómplice”. (Entrevistada por Carolina Jerez y Lucia Iglesias, de Unesco).
Algunos de sus libros son: Bomba en una calle de Palermo (1986, junto a Edwin Harrington); Los secretos del Comando Conjunto (1989, con Héctor Contreras); Chile entre el Sí y el No (1988, junto a Florencia Varas); La Conjura. Los mil y un días del golpe (2000).
